Como enviar e armazenar milhares de xml em um servidor?

Bom dia pessoal, estou passando por uma situação e estou tentando buscar solução.

Gostaria que me dessem a opinião de vocês.

Aqui na empresa pagamos 400 reais mensais para armazenar nossos arquivos XML referentes a Nota fiscal eletrônica emitidas.

Como o backup dessas notas é feito via cobian backup através de ftp, gostaria de me livrar dessa despesa e quem sabe fazer isso eu mesmo pra um servidor de hospedagem que eu assinei.

Assinei o UolHost pra fazer testes. Estou usando no uol servidor linux, e encontro problema na hora de upar os arquivos, pois parece que a pasta no ftp não aceita mais de 32mil arquivos. Alguém tem alguma idéia, dica, sugestão ou já passou por situação parecida?

Obrigado