Como proteger uma aplicação batch das ações concorrentes do usuário

Desenvolvi uma aplicação VB.NET (Windows Form Application) que consolida diversas planilhas em uma única planilha.

Percebi que em tempo de execução a interação do usuário com outros aplicativos (ex. Notepad, Word, outras planilhas) pode ser afetada ou afetar a planilha manipulada pelo programa.

Por exemplo: Há um trecho no programa que possui um loop que executa um copyrange de várias planilhas e faz um paste na planilha principal.

Se o usuário estiver trabalhando por exemplo, no notepad, word ou até mesmo em outra planilha no exato momento em que o programa está em execução e estiver realizando um copy/paste, este pode afetar a planilha trabalhada pelo programa e/ou o paste do usuário pode ser alterado pelo copy que o programa executou.

Ou seja, usuário afetando a execução do programa e vise-versa.

A aplicação roda sem a necessidade de qualquer interferência do usuário.

Há como isolar o programa das ações do usuário?

Grato.