Gerenciamento de Aplicação Multi Instance/Tenancy em PHP

Olá, pessoal.

Desenvolvi uma aplicação em PHP para um segmento específico onde cada empresa terá essa aplicação.

Minha dúvida é quanto ao gerencimento deste sistema, tendo em vista que cada empresa poderá personalizar a aplicação conforme suas necessidades (locais, legislação, negócio, etc.). Porém a maioria das funcionalidades será comum a todas as empresas (mas nada garante que uma funcionalidade que é comum hoje vai ser comum a todas amanhã). Por questões de segurança cada empresa terá seu banco de dados.

Estou entrando no mercado com o primeiro cliente e estou pensando no momento que tiver 30 clientes como vai ser. Utilizo o Bitbucket para controle de versão.

Qual é a melhor forma de gerenciar o codebase e o codecustom desta aplicação?  Um branch para cada cliente? Submodulos do Git? Pela própria aplicação?

Alguém que já vivenciou algo parecido que pode me ajudar?

Obrigado.