Criação de um campo AutoIncrement

Bom dia Galara. Tenho a seguinte situação: Possuo uma tabela com o ID, CNPJ, Razão Social, Descrição Protocolo, Data do Protocolo. Porém, este sistema é multi empresas, e o que separa os dados a serem acessados de uma empresa para outra é o campo CNPJ. Ou seja, quando a empresa X acessa a funcionalidade Protocolos, ela só visualiza os protocolos dessa empresa (claro) através do CNPJ utilizado no login. Até aí tudo ok. Agora preciso criar um campo novo chamado Nº Protocolo, porém preciso que este número seja sequencial para cada empresa a cada novo protocolo. Por exemplo: A empresa X cria o primeiro protocolo e este faça um AutoIncrement para 1, o segundo protocolo para 2 e assim por diante. Quando a empresa Y for criar seu primeiro protocolo, necessito que o AutoIncrement assinale este Nº para 1 e não siga a sequencia da empresa X. Alguém poderia me dar uma força em como fazer isso?