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Exato, Igor. A questão é sempre o balanceamento. Uma árvore desbalanceada vira uma lista e perde o benefício. Acho que o ponto é saber quando realmente vale a pena.
No meu time, a árvore binária pesa na hora de otimizar buscas em estruturas complexas, mas o custo de manutenção é alto se não for bem implementada.
Concordo, Wesley. Já passei por algo parecido, em que usar uma árvore ajudou na performance, mas depois virou um pesadelo pra manter quando o código evoluiu.
No meu caso, uso árvores binárias pra indexar grandes volumes de dados que precisam de buscas rápidas. Mas o cuidado é não deixar ela ficar desbalaceada, senão vira um problema.