Esse seu bloco de if/else está dentro de algum laço for/while? Caso contrário, não me parece fazer muito sentido um contador sendo que, não estando em um laço de repetição, sempre entrará somente em uma das condições, tendo apenas 1 no contador. Mas, considerando que esteja em algum laço e você queira saber quando entrou em cada condição e seguindo a ideia já disponibilizada pelo Omar:
<?php
$contadorFamiliaMenor = 0;
$contadorFamiliaMaior = 0;
$contadorElse = 0;
for ($i = 0; $i < 10; $i++) {
if ($FAMILIA < $FAM_MENOR) {
$CORCIRCULO = "#ff999a";
$CORTEXTO = "#000000"; //VERMELHO
$contadorFamiliaMenor++;
} elseif ($FAMILIA > $FAM_MAIOR) {
$CORCIRCULO = "#59ea55";
$CORTEXTO = "#000000"; //VERDE
$contadorFamiliaMaior++;
} else {
//AMARELO
$CORCIRCULO = "#ffff00";
$CORTEXTO = "#000000";
$contadorElse++;
}
}