Boa tarde! Para quem está passando ou vai passar pela mesma dificuldade eis como solucionei. A Biblioteca DOMPF trabalha com css 2.1 e ccs 3, sendo assim a soluções rotineiras que implementamos podem nos trazer problemas no que diz respeito a posicionamento de divs e etc...
A solução para meu caso foi posicionar as divs com position: absolute; cada div ficou em uma posição especifica e realizei loops de uma pagina inteira para gerar o PDF d todas as folhas. Mais um detalhe que pode ser útil: Para criar bordas no css 2.1 o elemento border: 2px solid#000; não funciona, e necessário utilizar border: thin solid #000;
Mais um detalhe que se mostrou útil, programar o css com o pdf já renderizado, uma vez que a formatação do css é exibida de maneira diferente no hmtl por conta do css2.1. Espero ter contribuído.