Essa dúvida esta mais para Banco de Dados do que para PHP!
Têm que ter uma tabela tbCoresProdutos, com um idCor (da tbCores), idProduto pra relacionar as cores com os produtos, com chave em idCor e idProduto, ae um produto pode ter várias cores e modelos. É uma ideia, simples, mas resolveria. Agora fazer com o que o WoosCommerce já têm, ae eu não manjo!