Arquitetura dos arquivos de sites dinâmincos ASP ou PHP

Olá Galera!

Me perdoem se este não é o lugar correto para o post.

Gostaria de saber da galera que é desenvolvedor back-end PHP ou ASP, como vocês costumam trabalhar com a arquitetura dos arquivos dos sites dinâmicos: index e includes?

Por exemplo: Eu costumo ter um arquivo index.asp ou php com toda a estrutura do header, sidebar e footer tudo já incluso no index. Sempre faço a inclusão dos arquivos de conteúdo na área reservada, o content... eu costumo criar os arquivos de conteúdos separados e sem o header, sidebar ou footer... somente com o quadro do conteúdo mesmo... e com isso as vezes me deparo com algumas dificuldades no tratamento dos links para url amigáveis entre outros.

Me dêem opiniões de qual a melhor forma de se criar os arquivos de conteúdo, includes e estrutura dos arquivos para sites dinâmicos.

Alguns costumam fazer o header, footer, sidebar e content todos separados, cada um em um arquivo PHP ou ASP separados, e são inclusos no index, fazendo assim a montagem da página dinâmica.

Por exemplo: Eu diria que tenho alguns links para um fictício site: index, noticias, contato, sobre, agenda. Como os colegas costumam criar esses arquivos?